MDR XAFS DB

Masashi Ishii SAMURAI ORCID (National Institute for Materials Science) ; Hiroko Nagao (National Institute for Materials Science) ; Kosuke Tanabe SAMURAI ORCID (National Institute for Materials Science) ; Asahiko Matsuda SAMURAI ORCID (National Institute for Materials Science) ; Hideki Yoshikawa SAMURAI ORCID (National Institute for Materials Science)

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(2264 items)

出版者: National Institute for Materials Science

権利情報:

キーワード: local structure, absorption, spectroscopy, x-ray, X-ray absorption fine structure, Synchrotron radiation, Local structure, Inner-shell, Data integration

This collection of data has been compiled at the National Institute for Materials Science (NIMS) with the cooperation of related organizations for the purpose of wide use of X-ray Absorption Fine Structure (XAFS) spectra.

The data published in this collection are publicly known data, and the data providers have guaranteed that the publication of the data does not violate the Copyright Law, the Personal Information Protection Law, or any other laws and regulations by submitting the “Application for Data Publication in the Materials Data Repository (MDR)”.
The data providers as of June 2023 are as follows.

  • Japan Synchrotron Radiation Research Institute
  • Ritsumeikan SR Center
  • Hokkaido University, Institute for Catalysis
  • Photon Factory, KEK
  • Aichi SR, Aichi Synchrotron Radiation Center
  • SAGA-LS, Kyushu Synchrotron Light Research Center

The data published in this repository can be used to determine the electronic state and local structure of materials. Please refer to the readme for file formats and other details. For details of analysis methods, please refer to the many references available.

Information on substances and measurements is compiled from metadata provided by relevant organizations into a format suitable for data linkage on the Data Platform (DPF), and used for display and search. This information can be obtained using the MDR API. It is not specifically designed for XAFS, but can be used for basic data-driven applications. For substances, IDs (Q numbers) are assigned, and the substances are classified and managed in a dictionary. This dictionary can be browsed as “NIMS XAFS DB Project Materials Dictionary” on NIMS’s materials vocabulary website MatVoc Explorer. For measurements, information from each organization is included as is, so it can be used for new measurements and analysis.

The metadata provided by the related organizations can be downloaded in three different formats depending on the purpose of use.

tsv format: Converted to a flat Key-Value format that is easy to display in MDRs and spreadsheets.

json format: A hierarchical structure expressed in a format suitable for organizing data in a machine.

yaml format: A hierarchical structure expressed in paragraphs, etc., that is easier for people to read than json format.

The license for the data listed here is “Attribution” (the data may be used under the conditions that the source is clearly indicated) or “Attribution-NonCommercial-ShareAlike” (the data may be used under the conditions that the source is clearly indicated, the data is used for noncommercial purposes, and the same terms of use elements as the original data are given). Please check the license displayed with the data. If you wish to use all data collectively, i.e., as a database as a whole, the license is “Attribution-NonCommercial-ShareAlike” (the data may be used under the conditions that the source is clearly indicated, the data is used for noncommercial purposes, and the same terms of use elements as the original data are given). If you wish to cite the database in an academic paper, please indicate the source clearly. When you use each spectrum, please refer to the respective DOI.

(Example1) In this study, we used API of MDR XAFS DB [1,2] to obtain the bulk data.
[1] Masashi Ishii, Hiroko Nagao, Kosuke Tanabe, Asahiko Matsuda, and Hideki Yoshikawa. “MDR XAFS DB”. Materials Data Repository, National Institute for Materials Science. (2021) https://doi.org/10.48505/nims.1447
[2] Masashi Ishii, Kosuke Tanabe, Asahiko Matsuda, Hironori Ofuchi, Takahiro Matsumoto, Toyonari Yaji, Yasuhiro Inada, Hiroaki Nitani, Masao Kimura and Kiyotaka Asakura, “Integration of X-ray absorption fine structure databases for data-driven materials science” Science and Technology of Advanced Materials: Methods, Volume 3, 2023 - Issue 1, 2197518　https://doi.org/10.1080/27660400.2023.2197518
(Example2) In this study, we used spectral data of KEK published in MDR XAFS DB [1].
[1] MDR XAFS spectrum data produced by KEK, https://doi.org/10.48505/nims.XXXX

Data quality is not included in the publication criteria of this collection. Use of the data is left to the discretion of the user.

Access MDR XAFS DB

本コレクションは、X線吸収微細構造（X-ray Absorption Fine Structure, XAFS）スペクトルの広い利用を目的に、関係機関のご協力の下、国立研究開発法人物質・材料研究機構（NIMS）にて編纂したものです。

本コレクションで公開されているデータは「材料データリポジトリ（MDR）におけるデータ公開申込書」に基づき、公知データであり、当該データの公開が、著作権法、個人情報の保護に関する法律その他の法令に抵触しないことが、データ提供機関によって保証されています。

2023年6月時点でのデータ提供機関は以下の通りです。

  • 公益財団法人　高輝度光科学研究センター
  • 立命館大学　SRセンター
  • 北海道大学　触媒科学研究所
  • 高エネルギー加速器研究機構　フォトンファクトリー
  • あいちシンクロトロン光センター　あいちSR
  • 九州シンクロトロン光センター　SAGA-LS

掲載されているデータは、物質の電子状態や局所構造を求めるために使うことができます。ファイル形式など詳細は、readmeをご覧ください。手法の詳細は、多くの文献がありますので、そちらをご覧ください。

物質及び測定に関する情報は、関係機関から提供されたメタデータから、データプラットフォーム（DPF）におけるデータ連携に適した形式に編纂されて、表示・検索に使われています。この情報は、MDRのAPIで取得可能です。一般的な情報ですが、基本的なデータ駆動に活用いただけます。物質についてはID（Q番号）を付与して語彙分類して管理しています。この辞書は、NIMSの材料語彙サイトMatVoc Explorerの「NIMS XAFS DB Project Materials Dictionary”」で閲覧することができます。測定については、各機関からの情報をそのまま収録してありますので、新たな測定・解析に活用することができます。

関係機関から提供されたメタデータは、利用目的に応じて、三種類の形式でMDRに収録してあり、ダウンロード可能です：

tsv形式：読みやすい形でMDRや表ソフトなどで表示するために、フラットなkey-value形式に変換したものです。

json形式：階層構造を、機械を使ったデータ整理に適した形式で表現したものです

yaml形式：json形式よりも人が読みやすいように、段落等で階層構造を表現したものです

ここに掲載されているデータのライセンスは「表示」（出所の明示を条件に利用することが可能）または「表示－非営利－継承」（出所の明示、非営利目的での利用及び元データと同じ利用条件要素を付与することを条件に利用することが可能）です。データに表示されている利用ライセンスをご確認ください。すべてのデータを一括して使用する場合、すなわちデータベース総体としての利用ライセンスは、「表示－非営利－継承」（出所の明示、非営利目的での利用及び元データと同じ利用条件要素を付与することを条件に利用することが可能）です。学術論文などでデータベースを引用する場合は出典を明示して下さい。スペクトルごとの利用の際は、各DOIを参照してください。

文例1: 本研究では、MDR XAFS DB [1,2]のAPIでデータを一括取得しました。
[1] Masashi Ishii, Hiroko Nagao, Kosuke Tanabe, Asahiko Matsuda, and Hideki Yoshikawa. “MDR XAFS DB”. Materials Data Repository, National Institute for Materials Science. (2021) https://doi.org/10.48505/nims.1447
[2] Masashi Ishii, Kosuke Tanabe, Asahiko Matsuda, Hironori Ofuchi, Takahiro Matsumoto, Toyonari Yaji, Yasuhiro Inada, Hiroaki Nitani, Masao Kimura and Kiyotaka Asakura, “Integration of X-ray absorption fine structure databases for data-driven materials science” Science and Technology of Advanced Materials: Methods, Volume 3, 2023 - Issue 1, 2197518. https://doi.org/10.1080/27660400.2023.2197518

文例2: 本研究では、MDR XAFS DB [1]で公開されているKEKのスペクトルデータを使用しました。
[1] MDR XAFS spectrum data produced by KEK, https://doi.org/10.48505/nims.XXXX

データの質は、本コレクションの掲載基準に含まれていません。データの利用は、使われる方のご判断でお願いいたします。

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更新時刻: 2025-04-29T11:59:37Z