# Fileset [MDR（Materials Data Repository）のデータキュレーション.pdf](https://mdr.nims.go.jp/filesets/1f512220-5bd7-4efc-bd8c-3c984b719dff/download) ## Creator [小柴 靖子](https://orcid.org/0009-0003-2265-2309) ## Rights [Creative Commons BY Attribution 4.0 International](https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/) ## Other metadata [MDR（Materials Data Repository）のデータキュレーション](https://mdr.nims.go.jp/datasets/ed39ba07-1a0b-464a-a808-ee9a707afa36) ## Fulltext NATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORMMDR（ Materials Data Repository ） のデータキュレーション小柴靖子国立研究開発法人 物質・材料研究機構（NIMS）技術開発・共用部門 材料データプラットフォーム データ収集ユニットMaterials Data Repository (MDR) 担当2026年6月22日 JOSS2026NATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM11.NIMS・MDRの紹介2.MDRにおけるキュレーション事例3.まとめ：リポジトリ担当者の役割本日の内容NATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM2NIMSの紹介国立研究開発法人物質・材料研究機構National Institute for Materials Science略称：NIMS（ニムス）物質・材料科学の研究に特化した国立研究開発法人⚫ エネルギー・環境材料研究センター ⚫ 電子・光機能材料研究センター⚫ 磁性・スピントロニクス材料研究センター ⚫ 構造材料研究センター (RCSM)⚫ ナノアーキテクトニクス材料研究センター ⚫ 高分子・バイオ材料研究センター ⚫ マテリアル基盤研究センター⚫ 若手国際研究センター⚫ 技術開発・共用部門研究職：約600人その他（エンジニア職・事務職・大学院生等）：約1000人（2026.4.1）NATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM3Materials Data Repository (MDR)• 物質・材料研究機構(NIMS)が運用するデータリポジトリ◦ https://mdr.nims.go.jp• NIMSの研究成果である論文ファイルや、材料科学に関するデータ（実験・計測データ）を収録• 約3,600件の論文・約18,000件のデータセットを収録（2026年6月時点）• DataCite DOIを付与• MDR Schema によってメタデータの構造を定義◦ 材料分野のメタデータMDRの概要https://mdr.nims.go.jp/https://mdr.nims.go.jp/NATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM登録に特化した内製アプリでセルフ登録⚫著者の入力負担を軽減メタデータを自動取得するため、著者が行う作業は3つのみ① ファイルのアップロード② 原稿種別、権利情報の選択③ 説明（abstract)、キーワードを入力⚫MDR担当者の作業を効率化登録されたメタデータの内容チェックのみで公開4MDR登録システムの紹介著者・MDR担当者双方の省力化を実現NATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM5MDR運用体制の紹介技術開発・共用部門データ基盤ユニットシステム担当２名ユニットリーダー図書サービス担当リポジトリ担当研究者MDR Team：６名（兼任）• 定期会合運用・開発計画• 登録業務材料データプラットフォーム材料数値シミュレータユニットクリープデータユニット極限環境材料データユニットデータ活用ユニット データ収集ユニットNATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM6MDRの変遷MDRリリースHyrax (OSS) 2020/6MDRリニューアル内製アプリケーションへ移行機構外ユーザーセルフ登録スタートNIMS研究職職員論文MDR登録義務化対象論文数約1,100報/年2024/1 2025国のOA基本方針実務的運用開始論文＋根拠データ2025/3 2026/699%のMDR登録率を達成今後はニーズが高まる研究データの登録・キュレーションが課題MDR XAFS DB公開・国内6機関参画・X線吸収データ(2,264件)収録2021/7 NATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM7• 機構内イントラで登録方法を紹介MDRに研究データを登録してもらうためにNATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM81.論文と紐づくデータ2.データ単体MDRに登録される研究データの種類NATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM9ユースケース1. 論文ファイルとSupplemental Data等を一緒に登録• 国の即時OA（オープンアクセス）方針への対応2. 論文ファイルとデータの登録をメタデータで紐づける登録• 論文内でデータのDOIを引用する必要がある場合論文と紐づくデータMDRの公開状況 データのアクセス範囲公開 すべてのユーザーがアクセス可能限定公開 査読者のみアクセス可能非公開 登録中のため、登録者のみアクセス可能※実装予定NATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM10「根拠データ」：研究者よって認識が様々即時OA対応に向けた研究者インタビューより材料探索用AI・アルゴリズムの開発 機械学習・第一原理計算による無機材料設計においセンサ・新規センシング技術の開発と医療応用⚫「根拠データ＝生データ・数値データ」と認識⚫論文に付随するサプリはデータではなく、論文の一部という認識⚫レビュー論文等だと、そもそも登録すべきデータが存在しない⚫根拠データというと、論文に関連するすべてのデータ？単にグラフのデータのことを指しているのか？⚫サプリ自体は論文の一部という認識で、根拠データという認識ではない⚫データの管理については、生データの共有体制がなく、役割分担で各自が保管している⚫オープンデータがないので、自分たちで作成したデータは公開したくない⚫「根拠データ＝生データ」と認識⚫機微性のあるデータがほとんど⚫個人を特定できるデータ、将来的に特定可能性があるデータ（例：呼気測定データ）は、IRB（倫理審査委員会）・インフォームドコンセントの制約により公開不可⚫機関にまたがる共同研究では、共同研究者とはデータを共有していないNATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM11事例：論文と紐づくデータ:メタデータで紐づける登録データ論文論文のDOIデータのDOIMDRNATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM12ジャーナルHP：DATA AVAILABILITYとReferencesに、MDRのDOIを記載事例：論文と紐づくデータ:メタデータで紐づける登録NATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM13ユースケース1.データ単体へのDOI付与による引用可能な状態での公開2.ダウンロードや二次利用を想定した公開3.複数機関のデータを統合・編纂したデータベースとしての公開データ単体「データ単体」の登録は、目的・用途によってその性質が大きく異なるNATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM14事例：データ単体：MDR phonon calculation database（新規・大規模登録）collection：work を複数たばねたもの- フォノン計算データベース全体をまとめたもの（10,034 件のworkをグループ化したもの）work：MDRにおける登録の単位- 結晶1件分のデータ（生データ圧縮ファイル＋図3枚）を まとめた単位https://doi.org/10.48505/nims.4197• 第一原理フォノン計算を１万個ほどの結晶に対して行ってまとめたもの• ユーザはデータをDLしてツールに読み込ませたり、新たなデータセットを作成する用途で利用10,034件https://doi.org/10.48505/nims.4197NATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM15事例：データ単体：MDR phonon calculation database（新規・大規模登録）研究者とシステム担当が連携して実施GUIでの手動操作では対応困難な事例であり、システム担当者の関与によりスクリプトで対応依頼⚫ 研究者AさんよりMDR担当へ、フォノン計算データベース（約1万件）の登録依頼⚫ バッチ登録の可否・DOI付与・登録方法についてヒアリングを実施メタデータ作成⚫ MDR Schema（YAML）に基づき、Aさんがスクリプトで10,034件分のメタデータを生成⚫ システム担当者がバリデーションを実施⚫ 修正箇所をAさんと協議のうえ確定登録方法設定インポート・検証DOI付与・公開⚫ collection全体に対してDOIを1件付与し、MDR上で公開⚫ AさんへURLおよびDOIを通知し、登録完了⚫ 10,034件を1つずつのworkとして登録し、workを束ねて1つのcollectionとして構成⚫ DOIはcollection全体で1件のみと確定⚫ collectionのタイトル・説明文・キーワード・ライセンス（CC-BY）をAさんから提供いただき確定⚫ 10,034件のデータを一括インポート⚫ エラー発生時は処理を停止し、該当データを削除・再インポート⚫ 登録件数の照合により整合性を確認⚫ インポート済みファイルのハッシュ値を算出し、元データとの照合によりファイル破損がないことを確認NATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM16リポジトリ担当者が担うべきこと⚫ 依頼受付・要件整理（規模・公開方針のヒアリング）⚫ メタデータ・スキーマ設計の助言⚫ ライセンス選択の助言（CC-BY等／他リポジトリ事例の参照）⚫ DOI付与単位の意思決定支援（個別 vs コレクション）⚫ システム担当者との調整⚫ 品質担保と知見の記録（他事例への展開）今後、担うべき範囲システム担当一括インポート実行自動インポート処理停止Work/Fileset 削除・再投入研究者 リポジトリ担当開始データ・メタデータ提供インポート指示エラー報告元データ確認依頼修正・回答最終承認・公開削除・再インポート承認整合性確認・結果報告NATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM17まとめリポジトリ担当者は、研究者とシステム担当者の「橋渡し役」としてのデータキュレーターキュレーションのノウハウは個人・組織に閉じがちであり、分野を越えた継続的な共有の場が不可欠求められる能力 具体的な実践調整能力研究者の登録要件・希望の把握／システム担当者への伝達／エラー発生時の研究者・システム担当者間の調整判断能力ライセンス選択の助言（CC-BY / CC0等）／公開可否の判断／登録結果の整合性確認と最終承認／ポリシー適用メタデータ・標準への理解スキーマ設計／他リポジトリ事例（Zenodo・figshare等）の継続的な学習・調査／分野慣習の理解NATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM18ありがとうございました 既定のセクション スライド 0: MDR（Materials Data Repository）の データキュレーション スライド 1: 本日の内容 スライド 2: NIMSの紹介 スライド 3: MDRの概要 スライド 4: MDR登録システムの紹介 スライド 5: MDR運用体制の紹介 スライド 6: MDRの変遷 スライド 7: MDRに研究データを登録してもらうために スライド 8: MDRに登録される研究データの種類 スライド 9: 論文と紐づくデータ スライド 10: 即時OA対応に向けた研究者インタビューより スライド 11: 事例：論文と紐づくデータ:メタデータで紐づける登録 スライド 12: 事例：論文と紐づくデータ:メタデータで紐づける登録 スライド 13: データ単体 スライド 14: 事例：データ単体：MDR phonon calculation database（新規・大規模登録） スライド 15: 事例：データ単体：MDR phonon calculation database（新規・大規模登録） スライド 16: リポジトリ担当者が担うべきこと スライド 17: まとめ スライド 18