01. Overview This MDR XAFS DB is an integrated database of XAFS spectral data provided by the participating institutions in this project. The metadata ("local metadata") and data formats used by each institution have many points in common, but there are also differences. This readme summarizes the status of data provided by each institution (02. Statistics), basic data format and related information (03. Data Format), results of analysis of local metadata (04. Metadata Analysis Results), and status of absorption edge collection (05. Absorption edge information). 02. Statistical information As of July 2022, the MDR XAFS DB contains XAFS spectra of 2,174 samples. The number of data provided by each institution is Industrial Application and Partnership Division, SPring-8: 1,757 Ritsumeikan SR Center, Ritsumeikan University: 75 Hokkaido University, Institute for Catalysis: 206 Photon Factory, KEK: 136 (in order of registration). Detailed statistics, including registration history, are compiled in machine-readable format; see 02_statistics.zip. 03. Data format The MDR XAFS DB combines the spectra of each sample and related information such as metadata into a single "work". In other words, the database currently contains 2,174 works. The content of each work varies (e.g., some include reference spectra and some do not), but the basic data format is generally determined by the providing institution. The data format and reference materials for each institution are in the order of the institutions listed in 02. above: 03_data_format_SP8.zip 03_data_format_Rit.zip 03_data_format_Hok.zip 03_data_format_KEK.zip 04. Metadata analysis The metadata analysis results for "sample" from each institution's data are summarized here for reference in the reuse of data in materials science. Information on sample suppliers, model numbers, and material IDs in external databases contribute to the reliability of the data. Analysis results for each institution metadata_analysis_SP8.txt metadata_analysis_Rit.txt metadata_analysis_Hok.txt metadata_analysis_KEK.txt are combined into one file as 04_metadata_analysis.zip. 05. Absorption edge information MDR XAFS DB aims to collect spectra of as many elements as possible as a multi-institutional collaborative database. The current collection status of K-edge and L-edge spectra is summarized in edge_list.xlsx (total and breakdown of each institution). Cells of absorption edge elements not yet registered in the database are colored yellowish green. If your institution has spectra of unregistered absorption edge elements, we would appreciate it if you could provide them to us. Unregistered data with different energy resolutions (orange cells) are also welcome. In addition, a full spectrum diagram overlooking the collection status is available at big_spectra_yyyymm.png where yyyy is the year and mm is the month. This diagram is designed to give a bird's eye view of the absorption edge information. It is not designed to analyze the position or shape of the spectrum. The same information is shown in the histogram and periodic table color map below. edge_hist_yyyymm.png edge_hist_ptbl_yyyymm.png edge_K_ptbl_yyyymm.png edge_L_ptbl_yyyymm.png The use of the figure is "Attribution-NonCommercial-ShareAlike" (the data may be used under the conditions that the source is clearly indicated, the data is used for noncommercial purposes, and the same terms of use elements as the original data are given). When citing a figure, please clearly indicate the source. This figure was designed by M. Shimizu and M. Ishii based on data from the MDR XAFS DB (https://doi.org/10.48505/nims.1447). This information is compiled in 05_edge_information.zip and included in this work. 06. Definition of X-ray absorption fine structure spectroscopy Preferred Name X-ray absorption fine structure spectroscopy Synonyms XAFS X-ray absorption fine structure spectrometry X-ray absorption fine structure (EXAFS) measurements Definitions X-ray absorption spectroscopy where changes in the X-ray absorption coefficient around the absorption edge (the part of the spectrum where the incident X-ray energy matches the binding energy of an electron) are measured as a function of incident X-ray energy. ID CHMO:0000299 Vocabulary ID https://matvoc.nims.go.jp/entity/Q386 Chemical Methods Ontology (CHMO) information Ontology IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/chmo.owl Version IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/chmo/releases/2022-02-17/chmo.owl Ontology ID: chmo Version: 2022-02-17 01. 概要 本MDR XAFS DBは本プロジェクト参画機関から提供いただいたXAFSスペクトルデータを統合したデータベースです。各機関で使用しているメタデータ（以下「ローカルメタデータ」）やデータ形式は、共通点が多いですが、異なる点もあります。ここでは、各機関からのデータ提供状況（02. 統計情報）、基本的なデータ形式と関連情報（03. データ形式）、各機関のローカルメタデータの解析結果（04. メタデータ解析結果）、吸収端コレクションの状況（05. 吸収端情報）をまとめてあります。 02. 統計情報 2022年7月現在、MDR XAFS DBには2,174の試料のXAFSスペクトルが収録されています。機関ごとの提供データ数は Industrial Application and Partnership Division, SPring-8: 1,757 Ritsumeikan SR Center, Ritsumeikan University: 75 Hokkaido University, Institute for Catalysis: 206 Photon Factory, KEK: 136 です（登録順）。登録履歴を含む詳細な統計情報は、機械可読な形式でまとめてあります。02_statistics.zipをご覧ください。 03. データ形式 MDR XAFS DBでは、各試料のスペクトルとメタデータなどの関連情報を一つにまとめて、"1 work"としています。すなわち、現在このデータベースには2,174 workが収録されています。各workの内容は様々（例えばリファレンス測定を含むもの・含まないものなど）ですが、概ね提供機関ごとに基本的なデータ形式が決まっています。各機関のデータ形式と参考資料は上記02.の機関の順に 03_data_format_SP8.zip 03_data_format_Rit.zip 03_data_format_Hok.zip 03_data_format_KEK.zip にまとまっています。 04. メタデータ解析結果 材料科学におけるデータの再利用の参考に、各機関のデータの「試料」に関するメタデータの解析結果をまとめてあります。試料のサプライヤーや型番、外部データベースの材料IDの情報は、データの信頼性に寄与しています。各機関の解析結果 metadata_analysis_SP8.txt metadata_analysis_Rit.txt metadata_analysis_Hok.txt metadata_analysis_KEK.txt を一つにまとめ、04_metadata_analysis.zipとして収録しています。 05. 吸収端情報 MDR XAFS DBは多機関連携データベースとして、できるだけ多くの元素のスペクトルの収集を目指しています。現在のK吸収端、L吸収端の収集状況を edge_list.xlsx にまとめてあります（総計と各機関の内訳）。データベースに未登録の吸収端元素のセルは黄緑になっています。未登録の吸収端のスペクトルをお持ちの機関は、ご提供いただければ幸いです。エネルギー分解能が異なる未登録データ（橙のセル）も歓迎いたします。 また、収集状況を俯瞰する全スペクトル図が big_spectra_yyyymm.png にまとめてあります。yyyyは年、mmは月を表し、その年月時点での状況となります。この図は、吸収端情報を俯瞰するためのデザイン図です。スペクトルの位置や形状を分析することはできません。 同じ情報を棒グラフと周期律表のカラーマップで示したものが edge_hist_yyyymm.png edge_hist_ptbl_yyyymm.png edge_K_ptbl_yyyymm.png edge_L_ptbl_yyyymm.png にまとめてあります。 これらの図の利用は、「表示－非営利－継承」（出所の明示、非営利目的での利用及び元データと同じ利用条件要素を付与することを条件に利用することが可能）です。図を引用する場合は出典を明示して下さい。 文例： This figure was designed by M. Shimizu and M. Ishii based on data from the MDR XAFS DB (https://doi.org/10.48505/nims.1447). これらの情報は、05_edge_information.zipにまとめて本workに収録してあります。 06. X線吸収微細構造の定義 Preferred Name X-ray absorption fine structure spectroscopy Synonyms XAFS X-ray absorption fine structure spectrometry X-ray absorption fine structure (EXAFS) measurements Definitions X-ray absorption spectroscopy where changes in the X-ray absorption coefficient around the absorption edge (the part of the spectrum where the incident X-ray energy matches the binding energy of an electron) are measured as a function of incident X-ray energy. ID CHMO:0000299 語彙ID https://matvoc.nims.go.jp/entity/Q386 Chemical Methods Ontology (CHMO) information Ontology IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/chmo.owl Version IRI: http://purl.obolibrary.org/obo/chmo/releases/2022-02-17/chmo.owl Ontology ID: chmo Version: 2022-02-17